| 获奖名称 | 主要完成人 | 获奖类别 | 获奖等级 | 授奖部门 | 获奖年度 |
|---|---|---|---|---|---|
| 《中国古代的造船和航海》 | 金秋鹏 | 第二届全国优秀科普作品奖 | 二等奖 | 2002 | |
| 《会喷水的鱼洗》 | 戴念祖 | 全国优秀科普作品奖 | 二等奖 | 2002 | |
| 《中国古桥技术史》 | 张驭寰等本所主持 | 首届中国图书奖 | 荣誉奖 | 中华人民共和国新闻出版署 | 2001 |
| 《李约瑟文集》 | 潘吉星 | 首届中国图书奖 | 荣誉奖 | 中华人民共和国新闻出版署 | 2001 |
| 《中国古代科技成就》（英文版） | 陈美东、金秋鹏 | 文化部外文发行局优秀外文书刊、作品奖 | 二等奖 | 文化部 | 2000 |
| 《二十世纪科学和技术简史》 | 中国科学院自然科学奖 | 二等奖 | 中国科学院 | 2000 | |
| 《中国纺织科学技术史》 | 赵承泽 | 纺织部科技进步奖 | 无 | 中国纺织部 | 1999 |
| 汇校《九章算术》 | 郭书春 | 全国教育图书奖 | 一等奖 | 1999 | |
| 《中国古代地图集》（战国-元代） | 曹婉如、郑锡煌等 | 中国科学院自然科学奖 | 二等奖 | 中国科学院 | 1992、1999 |
| 《中国古代地理学史》 | 本所地学史组编 | 中国科学院自然科学奖 | 二等奖 | 中国科学院 | 1998 |
| 《关于明代王子朱载堉在科学和艺术上成就的研究》 | 戴念祖 | 中国科学院自然科学奖 | 三等奖 | 中国科学院 | 1998 |
| 《中国科技成就》（英文版） | 国家外文图书奖 | 二等奖 | 1997 | ||
| 《徐霞客及其游记研究》 | 唐锡仁、杨文衡 | 首届全国科技史优秀图书奖 | 一等奖 | 中国科学技术史学会 | 1997 |
| 《试论占城稻对中国稻作的影响》 | 曾雄生 | 全国中青年农史优秀论文奖 | 1997 | ||
| 《中国古代科技论文索引》 | 姜丽蓉、赵澄秋 | 中国科学院科技进步奖 | 三等奖 | 中国科学院 | 1996 |
| 《彝族天文学史》 | 陈久金 | 中国科学院自然科学奖 | 二等奖 | 中国科学院 | 1996 |
| 《中国力学史》 | 戴念祖 | 1988年全国优秀图书 | 1995 | ||
| 《原理—时代的巨著》 | 戴念祖 | 1988年全国优秀图书 | 1995 | ||
| 《中国古代的造船和航海》 | 金秋鹏 | 第二届全国优秀科普作品奖 | 二等奖 | 1994 | |
| 《会喷水的鱼洗》 | 戴念祖 | 全国优秀科普作品奖 | 二等奖 | 1994 |
